Foi em 1866, com quinze anos que Bernardino Machado ingressou na Faculdade de Matemática da Universidade de Coimbra e, no ano seguinte, matriculou-se na Faculdade de Filosofia. Já em 1872 e atingida a maioridade, o jovem universitário optou pela nacionalidade portuguesa e tornou-se “famalicense por vontade própria”.
No ano seguinte obteve o grau de bacharel em Filosofia e Matemática, e em 1875 concluiu a licenciatura. Um ano mais tarde, em 1876, doutorou-se em Filosofia e Matemática com a tese “Deducção das leis dos pequenos movimentos periódicos próprios da força elástica”, não fazendo prever o seu interesse futuro pela Antropologia.
Em fevereiro de 1877, foi nomeado lente substituto da cadeira de Agricultura na Faculdade de Filosofia, e dois anos mais tarde, Professor Catedrático.
Ao longo do seu percurso académico vários foram os prémios e distinções que recebeu.
